पादप पुरः स्थापन के निम्न दोष हैं-
(i) पुरःस्थापन विभेदों के साथ खरपतवारों का प्रवेश हो जाता है, जैसे-सत्यानाशी, गेहूंसा खरपतवार ।
(ii) पुरःस्थापित किस्मों के साथ देश में नए रोगों के रोगजनक भी प्रवेश कर जाते हैं, जैसे-श्रीलंका से कॉफी किट्ट आदि ।
(iii) अनेक पुरःस्थापित प्रजातियाँ अनिष्टकारी खरपतवार के रूप में फैल जाती हैं, जैसे-जलकुंभी ।
(iv) कुछ पुर:स्थापित प्रजातियों से पारिस्थितिक सन्तुलन पर हानिकारक प्रभाव पड़ सकता है, जैसे यूकेलिप्टस से भूमिगत जल-भण्डारों में कमी ।