जल-दुर्लभता जल की खराब गुणवत्ता के कारण भी हो सकती है। कई क्षेत्र ऐसे हैं जहाँ लोगों की आवश्यकता के लिए प्रचुर मात्रा में जल उपलब्ध होने के बावजूद यह घरेलू और औद्योगिक अपशिष्टों, रसायनों, कीटनाशकों और कृषि में प्रयुक्त उर्वरकों द्वारा प्रदूषित है और मानव उपयोग के लिए खतरनाक है । यही जल-दुर्लभता का गुणात्मक पहलू है।