(a) लिग्निन - लिग्निन का विच्छेदन संकीर्ण पदार्थ होने के कारण कम होता है। इसकी रचना में विशेषकर बैंजोल चक्र होता है, जिससे विशेष सह-श्रृंखलायें जुड़ी होती हैं। फंजाई तथा बैक्टीरिया से लिग्निन का विच्छेदन जल्दी नहीं होता है। बैसिडियोमाइसिटीज के कुछ समूह तथा विशेष एक्टीनोमाइसिटीज ही लिग्निन का विच्छेदन करती हैं।
(b) प्रोटीन - सूक्ष्मजीवों की क्रिया से प्रोटीन पहले पॉलीपेप्डाइड तथा अन्त में अमीनो अम्ल बनाते हैं। अमीनो अम्ल बैक्टीरिया तथा फंजाई की क्रिया के फलस्वरूप CO₂, NH₃, कार्बनिक अम्ल, एल्कोहल तथा अन्य यौगिक उत्पन्न करते हैं।