जब प्रयोग में मुख्य जनक का उपयोग दो अलग-अलग प्रयोगों में विपरीत तरीके से किया जाये, जैसे पहले प्रयोग में यदि 'A' नर तथा 'B' मादा होगा तो दूसरे प्रयोग में 'B' को नर तथा 'A' को मादा के रूप में प्रयोग में लाते हैं। इस प्रकार के संकरण को व्युत्क्रम संकरण कहते हैं।