(b) पेप्सिन एन्जाइम की सक्रियता के साथ ही पेट में प्रोटीन का पाचन शुरू हो जाता है, तत्पश्चात ड्योडिनम में यह कार्य ट्रिप्सिन, काइमोट्रिप्सिन व कार्बोक्सी पेप्टिडेज (सभी अग्नाशयी रस में पाये जाते हैं) द्वारा किया जाता है, जेजुनम में अमीनो पेंप्टिडेज, डाइपेप्टिडेज व एन्टेरोकाइनेज द्वारा तथा इलियम में यह पूर्ण होता है