आमाशय में श्लेष्मा का अस्तर पाया जाता है। श्लेष्मा, आमाशय के अस्तर में उपस्थित ग्रन्थियों द्वारा स्रावित आंत्रीय रस में पाया जाता है। यह HCl युक्त अपने स्राव से आमाशय के अस्तर की रक्षा करने में सहायता करता है क्योंकि HCl प्रकृति में संक्षारक होता है। यदि श्लेष्मा का स्राव न हो, तो HCl आमाशय के अस्तर को नुकसान पहुँचाकर अल्सर के निर्माण को प्रेरित करता है।