भारत में नदी परियोजनाओं पर उठाई गई अधिकतर आपत्तियाँ उनके उद्देश्यों में विफल हो जाने से सम्बन्धित हैं, यथा-
जो बाँध बाढ़ नियंत्रण के लिए बनाए जाते हैं उनके जलाशयों में तलछट जमा होने से वे बाढ़ आने का कारण बन जाते हैं। बाँधों के जलाशय में तलछट जमा हो जाने के कारण भूमि निम्नीकरण की समस्याएँ बनी हैं।
बहुउद्देश्यीय योजनाओं के कारण भूकंप आने की संभावना बढ़ जाती है।
अत्यधिक जल उपयोग से जलजनित बीमारियाँ, फसलों में कीटाणुजनित बीमारियाँ और प्रदूषण में वृद्धि हो जाती है। इसके अलावा बाँध बनाने से नदियों का प्राकृतिक बहाव अवरुद्ध होता है जिससे तलछट बहाव कम हो जाता है। इससे नदी का तल अधिक चट्टानी हो जाता है और नदी जलीय जीव आवासों में भोजन की कमी हो जाती है।
बाँध नदियों को टुकड़ों में बाँट देते हैं जिससे विशेषकर अंडे देने की ऋतु में जलीय जीवों का नदियों में स्थानान्तरण अवरुद्ध हो जाता है।