आम्लपर्जन्याचे दुष्परिणाम पुढीलप्रमाणे होतात :
(१) आम्लपर्जन्यामुळे नदी, ओढे, तलाव, जलाशय यांचे जलप्रदूषण होते.
(२) त्यामुळे अशा जलाशयातील मासे व इतर जलचरांचा मृत्यू होतो.
(३) वनांच्या प्रदेशात आम्लवर्षा झाल्यास झाडांची पाने करपटतात, जळतात व पुढे गळून पडतात व प्रसंगी झाडेही मरतात. वनांतील पशु-पक्ष्यांनाही आम्लवर्षामुळे हानी पोहोचते.
(४) आम्लवर्षामुळे मृदेवरही परिणाम होतो. मृदेतील सूक्ष्मजीव मरतात, मृदा आम्लधर्मी होते व सुपीकता कमी होते.
(५) आम्लवर्षेमुळे इमारती, लोखंडी पूल, वाहतूक मार्ग व शहरांत उभारलेले विविध पुतळे यांच्यावरही रासायनिक प्रक्रिया होऊन या सर्वांचे अतोनात नुकसान होते.